Agent pathogène : Facteur biologique capable d'engendrer une lésion ou de causer une maladie, aussi bien chez les humains, les animaux ou les plantes.
Endémique : Présent de façon continue dans une région géographique (maladie ou espèce).
Épidémie : Propagation rapide d'une maladie infectieuse dans une population.
Eucaryote : Organisme dont les cellules contiennent des organites, dont le noyau. (Plante ou animal, y compris unicellulaires, par exemple : levure, chlorelle ou plasmodium). Dimensions typiques de 10 à 100 micromètres.
Hôte : Organisme au sein duquel vit un autre organisme. L'association peut être pathogène (ex : parasite) ou non (ex : microbiote).
Infection : Prolifération de microorganismes pathogènes dans le corps et ensemble des troubles qui peuvent en résulter.
Microbiote : Ensemble des micro-organismes - bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes, dits commensaux - qui vivent dans un environnement spécifique. Chez l'humain, il existe différents microbiotes : au niveau de la peau, de la bouche, du vagin, des poumons... Le microbiote intestinal est le plus « peuplé » d'entre eux.
Microorganisme : Être vivant microscopique (invisible à l'œil nu). Exemples : les bactéries, les archées, les champignons unicellulaires, et sur la peau, les acariens.
Pandémie : Infection qui s'étend au monde entier. Il peut y avoir des pandémies limitées dans le temps, ou des pandémies qui durent très longtemps (pandémie liée au VIH depuis plus de 30 ans, par exemple).
Parasite : Organisme qui vit et se nourrit aux dépens de son hôte d'une espèce différente.
Porteur sain : Personne infectée par un organisme sans présenter aucun symptôme.
Procaryote : Cellule simple sans compartiment dont le matériel génétique est libre dans le cytoplasme (bactérie ou archée). Dimension de 1-5 micromètres.
Prophylaxie : Ensemble des mesures visant à empêcher l'apparition, la réapparition et la propagation de maladies.
Réservoir à pathogène : Milieu (vivant ou non) permettant la survie d'un pathogène et le mettant à portée de différents hôtes (ex : chauve-souris pour le virus de l'Ebola).
Symbiose : Association étroite de deux ou plusieurs organismes différents, durable et mutuellement bénéfique, voire indispensable à leur survie.
Transmission directe : Se dit du mode de transmission d'un pathogène par contact étroit entre un sujet infecté et un hôte réceptif, sans intermédiaire (ex : grippe, rougeole, VIH).
Transmission vectorielle : Maladies provoquées par des parasites, des virus ou des bactéries transmis par des vecteurs.
Vaccination : Injection d'un pathogène inactivé ou vivant atténué afin de stimuler le système immunitaire.
Vecteur : Organismes vivants capables de transmettre des maladies infectieuses d'un hôte à un autre (ex : moustique, tique).
Virus : Particule infectieuse contenant des protéines et une information génétique (ARN ou ADN). Le virus n'est pas vivant, il utilise le métabolisme d'une cellule hôte pour se reproduire. Dimensions : 10 à 400 nanomètres.